強力な闇の魔法使いゲラート・グリンデルバルドが魔法界の支配権を握る計画を進めていることを知ったアルバス・ダンブルドア教授は、魔法使いのチームを率いてグリンデルバルドを阻止する役目を、魔法動物学者で教え子でもあるニュート・スキャマンダーに頼みます。勇敢な魔法使いたちにマグルのパン屋1人が加わった凸凹チームは、おなじみの魔法動物たちとともに危険な任務に乗り出します。ニュートたちに「秘密の作戦」を与えたものの、自身はグリンデルバルドと直接戦うことができないダンブルドア。増え続けるグリンデルバルドの信奉者たちと激しい攻防を繰り返す命運をかけたこの戦いをダンブルドアはどこまで静観していられるのでしょうか。