大学で古事記を研究する森田つぐみは、ある日、謎の組織に拉致されそうになり、雑誌記者の犬飼大志郎に助けられる。おまけに身に覚えのない同級生殺しの容疑者として警察からも追われるはめに。なぜつぐみが狙われるのか。二人は逃走を続けながら、その理由を探る。そしてつぐみが、古事記に関するある謎の鍵を握っていることを知る。神武天皇と草薙剣の重大な秘密に迫る、鯨流古代史ミステリー！